食物中的脂肪首先在小腸內被水解為甘油和脂肪酸，吸收后再合成甘油三酯與膽固醇，磷脂加上載脂蛋白組成乳糜微粒進入血液循環運送到肝臟，在毛細血管壁細胞中又分解為甘油，脂肪酸被肝細胞攝入后再度合成為甘油三酯，其中一部分在進一步氧化中產生能量，大部分與載脂蛋白組成脂蛋白排泌入血。由于肝臟合成甘油三酯的功能很大，速度很快，故進出肝細胞的甘油三酯保持動態平衡。在改造同化脂肪的途徑中，任何一個環節發生障礙，都能使甘油三酯滯留在肝細胞內而導致脂肪肝。
此外，肝細胞尚能產生載脂蛋白，肝細胞內的甘油三酯與之結合形成各種脂蛋白才能排泌到血液當中，轉運到全身組織器官。若是肝功降低，生成載脂蛋白減少，甘油三酯轉運不出去，也會停貯于肝細胞內而堆積，從而出現脂肪肝。
不難看出，形成脂肪肝的機理就是脂肪堆積在肝細胞內。由于食物中脂肪含量過多，大量甘油三酯進入肝細胞超過了肝功能處理能力，或者肝細胞合成甘油三酯過多不能轉運出肝細胞，均是造成甘油三酯貯留的因素。
近年來，隨著生活水平的提高，人們飲食結構和生活方式西方化，追求高糖、高脂肪、高熱量飲食；工作智能化、勞動強度降低；不參加體育鍛煉，以車代步，體力活動甚少，結果營養過剩，耗能減少，脂肪貯留體內。此外，肥胖癥、高血脂、糖尿病、高血壓、冠心病、病毒性肝炎、長期應用有損肝功能的藥物等，都是誘發脂肪肝的危險因素。
值得一提的是，酗酒不但造成脂肪代謝紊亂，而且直接損肝細胞誘發炎癥細胞浸潤、肝細胞纖維化，終至肝硬化，導致肝功減退，甚至衰竭。